取室温（23-26度）喂养8小时后的全麦酵种，均匀溶解于水中。
在水中加入黑麦粉和白面粉，混合至无干粉。然后盖好盖子，将面团放于室温下静置40-60分钟。之后再混入盐，搅拌均匀。
用autolyse的折叠法，每半小时折叠一下面团生成筋度。注意不要破坏面团中的气泡。发酵2小时共折叠4次。在此过程中原本粘手的面团会逐渐形成筋度，并且不再粘盆，可以比较轻松地从发酵容器中较为完整地拉出。
由于每个人养的酵种活力不同，气温不同，每次酵种的情况也不同，发酵时间需要灵活掌握，面团不像用商业酵母那样能膨大太多，20-30%的膨胀率是正常的。
将发酵好的面团从容器中刮出，倒在面板上，面板上不要撒粉，面团倒出后在表面撒少量粉，用刮板和手掌外侧将面团小心拢成圆形，注意保持面团外皮的收紧程度，标准就是面团外皮收紧但不能太紧，如果绷裂则说明收太紧了。
将团成球状的面团放在面板上静置松弛20-30分钟，注意盖好避免导致面团外层干掉。发酵好的面团边缘应该有一定的紧张度，如果面团太瘫软看起来没有收紧，说明一发过程中没有形成足够的筋度。可以将面团放进发酵盆，用刮板再做一次autolyse的拉伸折叠－90度旋转的收紧动作补救筋度。
在面团外皮上撒少量粉，将刮板抄到面团底部然后将面团迅速小心地翻过来，即撒粉面接触面板，然后将靠近自己的面团稍微朝自己的方向拉伸后折叠上去，再同样拉伸折叠右边，左边，上边，就像叠一张包袱皮那样将面团收紧。
重复上述拉伸折叠，用手指将接合处捏紧后将面团光滑的外皮一面翻到上面，用弯成弧度的手掌将面团拢近自己，同时利用面团和面板之间的接触面摩擦将面团收紧、底部粘合。
将发酵篮撒上米粉和麦粉混合粉，将面团用刮刀倒扣进发酵篮里进行二发。二发温度24－27度，3-4小时。2小时的时候即可闻到面团的发酵香气。冷藏发酵的话8-12小时，面团会偏酸。
至少提前半小时预热烤箱披萨石板或铸铁锅到500f（260度），冷藏发酵的面团这时候可以拿出来了，准备同期烤制的面团可以继续放在冰箱里，等烤完第一个并且重新预热好石板铸铁锅之后再从冰箱里拿出来。
在烤箱下层放入烤盘，加水，制造蒸汽，有铸铁锅的可以省略这步。预热好之后将面团从发酵篮中扣在烘焙纸上，割包，将烘焙纸转移到石板或铸铁锅里，将烤箱温度降低到450f（230度），烤20分钟。
20分钟后取出铸铁锅锅盖，再烤20-25分钟，至面包表面呈深棕色。 取出面包，晾凉，切片。
生面发酵阶段的黑麦粉要比白面和全麦黏度都高，整形难度较高，非常容易粘手，不推荐给新手。