首先我们需要了解天然酵种面包的特点。相比于干酵母的面包，天然酵种面包因为发酵过程被延长，成品的组织和质地会更自然、更完整的形成，风味更香醇，成品的味道更又层次，保鲜期会略长于干酵母。 除了像100%黑麦面包和潘妮托妮这样风味依附于天然酵种的面包外，其他的面包基本上都是可以用干酵母替代的。
我们再来了解天然酵种的主要成分:面粉（高粉、黑麦、全麦）、水、酵母菌，其中酵母菌可以忽略不计。 我们可以经常从天然酵种菜谱中看到这样两个关键短语:100%水粉比例或者水粉比例1:1，它们的意思是:这个配方中的天然酵种中水/面粉=100%，这是绝大多数天然酵种的水粉比例。如果是50%水粉比，则该天然酵种中水/面粉=50%，以此类推。 现在我们来计算天然酵种中水和面粉的重量分别是多少。N克X%水粉比的天然酵种中，水的重量=N*X%/(1+X%)，面粉重量=N-水的重量。举个栗子，20g100%水粉比的天然酵种中，水的重量=20*100%/（1+100%）=10g，那么面粉为10g；12g50%水粉比的天然酵种中，水的重量=12*50%/（1+50%）=4g，面粉为8g，以此类推。
了解如何计算天然酵种中的水粉含量后现在我们要做的就是分析配方。 ①先由干酵母来代替天然酵种: a.对于天然酵种土司和餐包来说，因为其中的黄油、糖以及其他配料的味道比较浓，我们可以采用直接法进行操作。 先计算出天然酵种里的水粉含量分别是多少，再在主面团中加入等量的面粉和水即可，干酵母为面粉重量的1%，其他配料不变。 如图上配方——天然酵种墨鱼汁辣松包可以这样转换为干酵母配方: 120g天然酵种中水=60g，面粉=60g，则主面团中水=90g+60g，面粉=240g+60g，干酵母=300g*1%=3g，其他配料不变。 b.再来说主食欧包（这里指硬欧），主食欧包原料简单，味道清淡，主要依靠面粉的风味，直接法制作风味不足，这时我们可以通过干酵母制作酵头。德姐的换算方法是：将原料中天然酵种或者天然酵种酵头用等量的水、面粉和适量的干酵母（每150g面粉用1/8小勺的干酵母）代替，在制作面包前一天把这部分原料做成酵头，等它第二天发酵成熟后加入主面团即可。 例如：某配方中使用了60g含水量为100%的天然酵种，我们将这部分的天然酵种原料做成酵头则需要30g水、30g面粉和30g*（1/8）/150g=0.025小勺干酵母。这么少的干酵母很难称量，建议将1/4小勺的干酵母溶解于100g水中，然后取10g酵母溶液，其余的倒掉，这份酵母溶液中则有10g水和0.025小勺的干酵母（干酵母重量可忽略不计），再加入30g面粉和20g水制作酵头代替天然酵种即可。酵头需发酵至塌陷才可使用。
②由天然酵种代替干酵母 需要我们先计算出原配方原料的烘焙百分比，省略干酵母，然后按照自己喜欢的天然酵种使用方法来进行操作。 我们先需要确定是否制作酵头。 如果不做酵头，那么含水量100%的天然酵种一般占面粉含量的25%~55%，具体比例根据天然酵种的活力、面团中的其他原料、发酵温度、需要的发酵速度（发酵太快成品的口感和组织欠佳，发酵太慢则费时且成品过酸）、面粉中黑麦和其他粗粮的比例等因素来决定；如果需要增加风味可用天然酵种制作一定比例的酵头，这就需要个人的经验和喜好了，对于我而言不是很喜欢用天然酵种制作一定比例的酵头，感觉成品会过酸。还有的面团用一部分的天然酵种增加风味，并同时使用干酵母来进行发酵，这个也需要看个人的喜好和经验。个人建议先按照不同的天然酵种配方操作以了解不同发酵流程制作出的成品口味来选择适合自己的那一种。 举个不做酵头的例子： 配方中面粉总量为F，液体总量为W，选择占面粉总量30%的100%天然酵种来进行发酵，则天然酵种用量为30%*F，其中天然酵种中水量为15%*F，面粉量为15%*F，所以还需添加的面粉重量为F-15%*F，液体的重量为W-15%F。
如果用干酵母代替天然酵种，则发酵的时间和流程需要与干酵母配方一致，反之也一样。